２つの上陸申請手続

在留資格認定証明書交付申請による上陸手続

受入先企業、申請取次行政書士などが、申請人の予定居住地、または、受入先企業等の所在地を管轄する地方入国管理局（支局、出張所ふくむ）に、在留資格認定証明書の交付申請を行います。
審査の結果、「在留資格認定証明書」が発行されると、その原本を本国にいる外国人に郵送します。本国でこの証明書を受け取った外国人は写真や申請書などの書類と「在留資格認定証明書」の原本を持って日本大使館等にビザ発給の申請を行います。
ただし、「在留資格認定証明書」が地方入国管理局長から交付されたからといって、必ず日本に入国できるとは限りません。交付後に、上陸拒否事由に該当することがあった場合など、査証が発給されないこともあります。

海外にいる外国人が直接、在外公館に査証申請する方法

外交、公用、短期滞在査証等は、原則、短期間のうちに在外公館で発給されます。
就労その他の長期間にわたる日本での滞在を目的とする場合の査証は、事前協議と呼ばれる方法で行われます。在外公館から日本の外務省へ、外務省から法務省入国管理局へと査証発給の可否について協議されます。入国管理局は事実調査の結果をふまえて査証発給の可否について回答します。
査証発給まで長い時間がかかるため、現在では、あまり利用されていないようです。